在环境样本中确定沙门氏菌Typhi的基因型和抗菌耐药性,采用安普利康序列测序
Catherine Troman1, Samuel T Horsfield1,2, Dilip Abraham3
1Department of Infectious Disease Epidemiology & MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, School of Public Health, Imperial College London, London, United Kingdom.
PLoS neglected tropical diseases
|July 8, 2025
概括
使用废水中沙门氏菌Typhi (S. Typhi) 的amplicon测序进行环境监测,提供了一种有前途的方法来追踪伤寒负担和抗菌素耐药性 (AMR). 这种方法可以补充临床数据,特别是在资源较少的环境中.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子流行病学分子流行病学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 由于低收入环境中的临床监测有限,以及诊断试验的敏感性,对台风热病负担的估计受到挑战.
- 对沙门氏菌 (S. Typhi) 的废水环境监测可以为监测疾病流行率提供一个敏感的工具.
- 从废水中直接测序S. Typhi可以识别循环的基因型和抗菌素耐药性 (AMR) 基因.
研究的目的:
- 开发和验证用于S. Typhi基因型和废水中的AMR检测的多重向安普利康测序协议.
- 评估使用废水测序来补充台风病临床监测数据的可行性.
主要方法:
- 设计了一种针对单核酸多态 (SNPs) 的多重安普利康测序协议,用于S. Typhi基因型和AMR基因.
- 采用牛津纳米孔技术 (ONT) MinION用于PCR产品的测序.
- 在南印度的废水样本中使用GenoTyphi程序进行基因型和AMR识别.
主要成果:
- 在测试的110个废水样本中,成功确定了8个废水样本的基因型和/或AMR.
- 鉴定的S. Typhi基因型与印度同期临床病例中发现的基因型一致.
- 在遗传学分析中与S. Typhi聚集在一起的共识序列,证实了该方法的准确性.
结论:
- 在废水中对S. Typhi的安普利康测序是一种可行的概念验证方法,可以增强伤寒监测.
- 在没有临床监测的情况下,这种方法可以提供关键数据,为像疫苗接种和抗菌药物管理等公共卫生干预提供信息.
- 该方法可适应从环境样本中对其他病原体进行基因定型.
