在基于DNA甲基化的工具中,计算Infinium MethylationEPIC v2和v1之间的差异
Beryl C Zhuang1,2,3, Marcia Smiti Jude1,2,3, Chaini Konwar1,2,3
1Edwin S. H. Leong Centre for Healthy Aging, Faculty of Medicine, University of British Columbia, Vancouver, Canada.
Life science alliance
|July 8, 2025
概括
新的Illumina甲基化EPIC v2.0 (EPICv2) 阵列显示与EPICv1的总体一致性很高,但版本差异会影响DNA甲基化估计. 考虑到这些变化对于准确的研究至关重要,特别是在元分析中.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 照明甲基化EPIC v2.0 (EPICv2) 阵列继承了EPICv1,保留了大多数探头并添加了新的探头.
- 调查EPICv1和EPICv2之间的一致性对于DNA甲基化研究至关重要.
研究的目的:
- 为了评估Illumina甲基化EPIC v1.0 (EPICv1) 和EPICv2数组之间的一致性.
- 评估EPIC版本对DNA甲基化变异和估计的影响.
主要方法:
- 在使用EPICv1和EPICv2阵列的四个成年队伍的匹配血液样本上进行了DNA甲基化分析.
- 进行了一致性和变异分析,考虑了样本相关性和细胞类型组成等因素.
主要成果:
- 在EPICv1和EPICv2之间观察到高阵列级一致性,在单个探头级别有可变一致性.
- EPIC版本对DNA甲基化变异做出了显著的贡献,尽管比样本相关性或细胞类型组成要小.
- 在两种版本之间发现了适度但显著的DNA甲基化估计差异,无论预处理方法如何.
结论:
- EPICv1和EPICv2数组之间的差异可以影响DNA甲基化估计.
- 调整EPIC版本或单独分析每个版本的数据可以解决不一致.
- 考虑EPIC版本对于协调元分析和纵向研究中的数据至关重要.
