全球肺炎球菌序列集群系为入侵性肺炎球菌分离物在丹麦从2019年夏天到2023年夏天

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 流行病学 流行病学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 丹麦长期以来一直在监测侵入性肺炎球菌病 (IPD),其血清型患病率受到儿童合疫苗的影响.
• 随着COVID-19大流行和2020年推出23价值肺炎球菌多糖体疫苗 (PPV23) 针对成人,影响了IPD流行病学.

研究的目的:

• 调查2019年至2023年在丹麦的全球肺炎球菌序列集群 (GPSC) 的动态.
• 用全基因组测序分析疫苗接种计划和流行病限制对IPD流行病学的影响.

主要方法:

• 全基因组测序 (WGS) 在1,999个侵袭性肺炎球菌病孤立 (93.3%的报告病例) 上进行.
• 进行了血清定型,多位序列定型 (MLST) 和GPSC识别.
• 遗传学分析评估了克隆关系和随着时间的推移GPSC患病率的变化.

主要成果:

• 确定了79种不同的GPSC,其中GPSC3,GPSC12和GPSC19占主导地位.
• GPSC3/ST53 (血清型8) 显著下降 (24.6%至14.4%),而GPSC12/ST180 (血清型3) 显著增加 (8.2%至15.1%).
• 接种PPV23疫苗和流行病限制减少了IPD发病率,特别是在疫苗覆盖的血清型中,但3型血清型仍然存在.

结论:

• 虽然GPSC提供了肺炎球菌系的高层次视图,但它们可能缺乏检测血清型-ST组成细度变化的分辨率.
• 这限制了充分评估疫苗影响和识别新兴克隆的能力,特别是对于像血清型3这样的持久血清型.
• 持续的基因组监测对于理解肺炎球菌进化和为公共卫生战略提供信息至关重要.