在DIA-NN中解码隔离窗口选择和QuantUMS过的影响,用于DIA和蛋白质的DIA量化
Jorge da Cruz Moschem1, Bianca Carla Silva Campitelli de Barros1, Solange Maria de Toledo Serrano1
1Laboratory of Applied Toxinology, Center of Toxins, Immune-Response, and Cell Signaling (CeTICS), Butantan Institute, São Paulo 05503-900, Brazil.
Journal of proteome research
|July 9, 2025
概括
使用DIA-NNN过蛋白质组数据.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 计算生物学 计算生物学
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 数据独立获取 (DIA) 是蛋白质组学中广泛使用的技术.
- DIA-NN 是一个用于 DIA 数据分析的流行的软件,它包含了 QuantUMS 算法用于质量控制.
- 量子UMS算法提供了评分来评估量化质量,但它们对结果的影响尚未完全理解.
研究的目的:
- 评估不同QuantUMS分数切断对DIA-NN结果的影响.
- 评估不同DIA-NN版本的一致性和可重复性.
- 开发用于DIA-NN分析的自动化质量控制工具.
主要方法:
- 分析DIA-NN性能,使用特定的QuantUMS分数截止值.
- 用不同的隔离窗口和两种物种混合物获得的数据的评估.
- 对六个不同的DIA-NN版本进行比较,以确保一致性和可重复性.
- 开发QC4DIANN Shiny应用程序,用于自动化质量控制.
主要成果:
- 特定的QuantUMS分数切断显著影响蛋白质分子识别和量化结果.
- 在DIA-NN版本中观察到高可重现性,除了1.9.版本外.
- 根据QuantUMS得分进行过有效地去除低丰度蛋白质和高变化系数的蛋白质.
结论:
- 对QuantUMS得分应用适当的切断值对于强大的DIA-NN分析至关重要.
- QC4DIANN工具为DIA-NN提供交互式和自动化的质量控制.
- 这项研究有助于研究人员在蛋白质组数据分析权衡方面做出明智的决定.
