使用e2MPRARA同时进行表观基因组分析和监管活动测量

科学领域:

• 基因组学和分子生物学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 监管基因组学 监管基因组学

背景情况:

• 关联调节元素 (CREs) 显著影响表型和疾病.
• 目前的方法如ChIP-seq,Cut&Tag和ATAC-seq可以识别CREs,但只是描述性的.
• 需要像MPRA这样的高通量技术来评估功能活动和变异效应.

研究的目的:

• 开发一种新技术,使得可以同时分析CRE调节功能,TF/辅因子结合和表观基因组修饰.
• 克服现有方法的局限性,这些方法不能整合功能和表观遗传学分析.
• 为解剖监管代码及其在疾病中的作用提供一个高通量平台.

主要方法:

• 开发了丰富,随后进行了表观基因组分析MPRA (e2MPRA),这是基于lentivirus的MPRA技术.
• 丰富的特定CREs用于基因组集成,其次是有针对性的Cut&Tag或ATAC-seq.
• 能够同时对数千种CRE和变种的调节活性,蛋白质结合和表观遗传修饰进行高通量分析.

主要成果:

• 证明了e2MPRA在合成增强剂中剖析TF动图的表观遗传功能的能力.
• 展示了增强剂序列变异对表观遗传修饰的影响的分析.
• 验证了对候选CREs的监管活性,蛋白质结合和表观基因组数据的同时评估.

结论:

• e2MPRA是一种新的技术,用于同时对CRE功能,蛋白相互作用和表观基因组状态进行高通量分析.
• 这种方法增强了对监管代码,对表观基因组及其影响以及疾病机制的理解.
• e2MPRA提供了一个强大的工具,用于调查监管法规的修改如何导致人类疾病.