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Updated: Sep 16, 2025
07:50
Genome-Wide Analysis of DNA Methylation in Gastrointestinal Cancer
Published on: September 18, 2020
5.7K
CanASM:一个全面的数据库,用于全基因组基因特异性DNA甲基化鉴定和注释癌症
Jianmei Zhao1, Zeyu Zhao2, Hongfei Li3
1College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin, China.
BMC genomics
|July 9, 2025
概括
CanASM是一个新的数据库,它对癌症中异位基因特异性DNA甲基化 (ASM) 位点进行了分类. 该资源有助于研究人员了解瘤发生过程中的遗传和表观遗传调节.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 癌症生物学 癌症生物学
背景情况:
- 基因特异性DNA甲基化 (ASM) 对于基因调节至关重要,并且在癌症中越来越多地被认可.
- 通常在增强器区域发现ASM,与正常组织相比,ASM在瘤组织中升高.
- 现有的资源用于识别和注释癌症相关的ASM是有限的.
研究的目的:
- 开发第一个全面的数据库,CanASM,用于识别和注释癌症中的ASM.
- 为探索ASM在癌症遗传学和表观遗传学的背景下提供一个集中资源.
- 促进研究ASM在瘤发生中的作用.
主要方法:
- 从31种癌症类型的双硫酸盐测序 (BS-Seq) 数据中确定了ASM部位,并与正常组织相匹配.
- 在CanASM数据库中填写了目录的ASM网站,包括相关的监管注释.
- 数据包括单核酸变异 (SNV),染色体坐标,基因名称, cis 调节元素和转录因子结合信息.
主要成果:
- 该CanASM数据库包含5,003,877个独特的SNV-CpG对,其中有3,056,776个索引SNV (2,634,406个SNP) 和4,157,508个CpG.
- 广泛的监管注释,如cis-regulatory元素和转录因子绑定同位化,都包括ASM.
- 该数据库提供了一个直观的界面来查询,分析和下载ASM数据.
结论:
- 对于研究癌症相关遗传变异和表观遗传调节的研究人员来说,CanASM是一个有价值的,全面的资源.
- 该数据库可以详细探索ASM及其在各种癌症类型中的监管环境.
- CanASM支持了解ASM在癌症发展和进展中的作用的进展.
