skDER和CiDDER:微生物基因组脱复制的两个可扩展的方法

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 微生物进化 微生物进化

背景情况:

• 有大量的微生物基因组可用,这给比较基因组学带来了计算挑战.
• 在基因组数据集中某些血统的过度代表性可能会导致进化分析的偏见.
• 对代表性基因组的有效选择对于准确的泛基因组研究至关重要.

研究的目的:

• 开发和介绍skDER和CiDDER,这是基因组复制的新工具.
• 为下游分析提供代表性微生物基因组的有效选择.
• 为了减少计算负担和减轻对比基因组研究中的偏见.

主要方法:

• skDER使用核酸序列比较和平均核酸身份 (ANI) 推断来实现脱复制.
• 对于基因组选择,CiDDER使用不同蛋白质编码基因的和评估.
• 工具包含参数测试,自动基因组下载和塑体/菌体过的功能.

主要成果:

• skDER的效率与现有的基于ANI的工具相提并论,它保持了泛指覆盖范围,并遵守用户定义的ANI和对齐分数 (AF) 切断值.
• CiDDER为基于ANI的方法提供了可行的替代方案,为广泛的泛基因组表示提供了直接优化.
• 基准测试证实skDER的性能和可用于大规模微生物基因组分析的可用性.

结论:

• skDER和CiDDER有效地解决了在微生物研究中对基因组复制的需求.
• 这些工具提高了对比基因组研究的效率和准确性.
• 开发的方法通过提供精选的基因组子集来支持更广泛的进化和泛基因组研究.