RaptGen-UI:一个集成的平台,用于探索和分析HT-SELEX实验的序列格局
Ryota Nakano1, Natsuki Iwano1, Akiko Ichinose1
1Graduate School of Advanced Science and Engineering, Waseda University, Tokyo, 169-8555, Japan.
Bioinformatics advances
|July 11, 2025
概括
RaptGen-UI为研究人员简化了高通量SELEX分析. 这个机器学习工具可视化aptamer序列数据,优化RNAaptamer选择,而不需要高级计算技能.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 高通量SELEX (HT-SELEX) 产生了大量的阿巴特默序列数据.
- 分析HT-SELEX数据集需要专门的计算专业知识.
- 优化从复杂的序列格局中选择aptamer是具有挑战性的.
研究的目的:
- 介绍RaptGen-UI,一个用于分析HT-SELEX数据的用户友好的软件.
- 为了使得APTAMER序列景观的有效探索和可视化.
- 为了促进湿实验室研究人员优化RNA吸收体.
主要方法:
- 机器学习驱动的可视化技术.
- 使用Docker进行本地部署的容器化架构.
- 基于Web的应用程序,具有图形用户界面 (GUI).
主要成果:
- 对HT-SELEX数据集的直观探索和分析.
- 机器学习驱动的可视化用于序列景观分析.
- 优化能力,以选择RNA吸收体的选择.
结论:
- RaptGen-UI使研究人员能够高效地分析复杂的aptamer数据.
- 该软件降低了用于aptamer优化的计算障碍.
- 它的灵活架构支持GPU或CPU选项的各种研究环境.


