闪亮DSP:一个闪亮的应用程序,用于交互式分析和可视化NanoString GeoMx全转录组图谱数据的数据

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 在NanoString的GeoMx数字空间分析 (DSP) 平台生成高分辨率的空间转录基因数据从甲固定嵌 (FFPE) 组织.
• 分析这些复杂的数据需要专门的工具来进行质量控制,规范化和差异基因表达分析.
• 目前,由于缺乏免费的,开源的,交互式应用程序,限制了GeoMx DSP数据的可访问分析.

研究的目的:

• 开发一个用户友好的,开源的应用程序,用于分析NanoString GeoMx DSP数据.
• 为研究人员提供一种用于质量控制,正常化和差异基因表达分析的交互工具.
• 提供定制选项,以根据特定的研究需求量身定制数据分析.

主要方法:

• 开发了shinyDSP,一个R Shiny应用程序.
• 实施用于数据质量控制,规范化和差异基因表达分析的模块.
• 包含用户可调节的参数,用于定制分析.

主要成果:

• shinyDSP为GeoMx DSP数据分析提供了一个全面的工作流.
• 该应用程序是交互式的,并通过分析步骤指导用户.
• 它支持对人类和小鼠FFPE组织数据的分析.

结论:

• shinyDSP解决了对GeoMx DSP数据分析的免费,开源,交互式应用程序的需求.
• 该工具促进了空间转录基因数据的强大分析,使得人们能够更深入地了解细胞微环境.
• shinyDSP可以在生物导体和GitHub上使用,促进可访问性和协作.