口腔癌病变的转录形状:FFPE组织部位的概念验证试点研究

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 口腔状细胞癌 (OSCC) 源于口腔潜在恶性疾病 (OPMD).
• 在临床环境中,固定在甲上,嵌入在中 (FFPE) 的样本非常丰富,适合转录基因分析.
• FFPE样本的RNA测序 (RNAseq) 可以提供详细的基因表达信息.

研究的目的:

• 在FFPE口腔病变样本中识别差异表达基因 (DEP),这些样本来自患有OSCC的患者.
• 将OSCC FFPE样本的转录形状与公开可用的乳腺癌 (BC) FFPE数据进行比较.
• 探索OPMD到OSCC过渡中的潜在分子机制.

主要方法:

• RNAseq是在基因表达综合数据库 (GSE58135) 的OSCC患者 (N=3) 和BC患者 (N=6) 的FFPE样本上进行的.
• 用STARv2.7.9a和DESeq2v1.40.2.2进行基因表达分析.
• 使用Pathviewv.1.40.0进行了途径分析,并使用STRING v12.0.0分析了蛋白质与蛋白质相互作用.

主要成果:

• 在OSCC和BC FFPE样本之间发现了9194个DEP (padj<0.05),其中OSCC中4466个是上调的,4728个是下调的.
• 在OSCC中的关键上调基因包括KRT6B,SERPINB5和DSC3.3.
• 途径分析揭示了OSCC中17个下调的KEGG途径,与白细胞活性,亡和NF-kappaB信号相关.

结论:

• FFPE样本可以有效地识别OSCC特有的转录密码签名.
• 特定的基因 (例如,KRT家族) 和与炎症和细胞死亡相关的途径都与OSCC的发展有关.
• 对KRT家族基因和牙周病原体进行进一步的研究是有必要的,以了解OPMD到OSCC的进展.