通过单细胞高含量CRISPR查,揭示跨不同遗传乱的融合细胞状态动态
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|July 14, 2025
概括
我们开发了PerturbFate,一个新的单细胞平台,研究基因变化如何导致类似的细胞状态. 这揭示了共同的调节节点驱动细胞适应和脱差在黑色素瘤.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 高通量基因组研究将遗传变化与疾病表型联系起来.
- 了解多样化的遗传干扰如何导致细胞融合状态是具有挑战性的.
研究的目的:
- 介绍PerturbFate,这是一个新的平台,用于高通量,高成本的CRISPR扰动的质询.
- 系统地分析基因调节和细胞表型在广泛的遗传改变.
主要方法:
- 开发了PerturbFate,一个结合式索引单细胞平台.
- 使用 PerturbFate 分析了超过 30 万个黑色素瘤细胞.
- 研究了140多个与维穆拉费尼布耐药性相关的基因对干扰的反应.
主要成果:
- 发现了黑色素瘤中共享的非分化细胞状态,其标志是收转录因子 (TF) 活动特征.
- 证明结合抑制TF枢纽可以逆转细胞对Vemurafenib的适应.
- 链接介质 基于模块特定属性的融合基因激活的复杂成分扰动.
结论:
- 确定了共同的调节节点,在不同的遗传乱中驱动类似的表型结果.
- 描述了功能性无关的基因扰动如何重塑细胞状态.
- 建立了PerturbFate作为一个多功能平台,将多式调节动态与疾病表型联系起来.


