星 (Platichthys stellatus) 的染色体级基因组组合
Weiwei Zheng1,2, Changlin Liu1,2, Shenglei Han1
1State Key Laboratory of Mariculture Biobreeding and Sustainable Goods, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao, Shandong, 266071, China.
Scientific data
|July 14, 2025
概括
开发了一种高质量的星状的基因组组,为遗传研究和水产养殖提供了必不可少的资源. 这种染色体水平的基因组促进了这一重要的平鱼物种的分子育种.
科学领域:
- 水产养殖是水产养殖的一种方式.
- 基因组学就是基因组学.
- 海洋生物学 海洋生物学
背景情况:
- 星 (Platichthys stellatus) 是一种欧类平鱼,在北太平洋地区分布广泛.
- 它是韩国和中国北部有前途的水产养殖物种.
- 缺乏高质量的参考基因组阻碍了遗传学和功能基因组学研究.
研究的目的:
- 为了生成一个高质量的,染色体水平的参考基因组组合星.
- 为推进这一物种的遗传研究和分子育种提供一个有价值的资源.
主要方法:
- 结合了短读数测序,PacBio HiFi测序和Hi-C测序.
- 将94.02%的组装序列固定在24个伪染色体中.
- 确定了22835个编码蛋白质的基因和227.87Mb的重复序列.
主要成果:
- 获得了643.56 Mb的染色体级星鱼基因组组合.
- 脚手架N50是26.19 Mb,而contigN50是10.00 Mb. 这是一个很大的问题.
- 检测到24个伪染色体和18个端粒.
结论:
- 这种高质量的基因组组合为明星的遗传研究提供了至关重要的资源.
- 这种基因组资源将加速用于水产养殖应用的分子育种技术的开发.


