实施乳腺癌综合基因组风险评估:从eMERGE研究中吸取的教训
Cong Liu1,2, Katherine Crew3, Jennifer Morse4
1Boston Children's Hospital, Division of Genetics and Genomics, Department of Pediatrics, 300 Longwood Avenue, Boston, MA 021155.
这项研究开发了综合性乳腺癌风险评估的管道,将多基因风险评分 (PRS),遗传变异和家族病史结合起来. 该系统成功评估了1万多名女性的风险,识别了高风险个体和可操作的遗传发现.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 遗传学和基因组学
- 临床瘤学临床瘤学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 准确的乳腺癌风险评估对于个性化的预防和查策略至关重要.
- 将多基因风险评分 (PRS) 与临床和遗传数据相结合,可以提供更全面的风险评估.
- eMERGE网络为实施和评估这些综合风险模型提供了有价值的基础设施.
研究的目的:
- 使用BOADICEA模型开发和实施用于综合性乳腺癌风险评估的计算管道.
- 将多基因风险评分 (PRS),单基因变异,家族史和临床因素纳入统一的风险预测框架.
- 在多个站点的eMERGE研究中部署和评估这个管道.
主要方法:
- 一个管道被设计,定制,并部署在十个eMERGE临床站点.
- 数据整合涉及REDCap调查,PRS报告,单基变异报告和血统数据.
- 使用CanRisk应用程序编程接口 (API) 来处理数据和生成风险评分.
主要成果:
- 该管道成功生成了超过10,000名女性的综合乳腺癌风险评分.
- 3.6%的参与者被归类为高风险 (≥25%的终身风险),0.9%的参与者携带关键乳腺癌基因 (BRCA1,BRCA2,PALB2,PTEN) 的致病变体.
- 高PRS仅在5.6%的参与者中被发现,其中34%的参与者也具有高的综合风险评分;API和用户界面 (UI) 的结果显示出高一致性 (平均差异为0.13%).
结论:
- 该研究表明,将PRS整合到临床乳腺癌风险评估中的可行性.
- 确定了数据集成和风险沟通方面的挑战,突出了需要改进的领域.
- 未来的工作重点应该是针对不同人群重新校准模型,并简化风险解释工作流程.
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