细胞内运输和表达细胞表面蛋白质的单细胞分析
Rekha Mudappathi1,2, Vaishali Bharadwaj3, Li Liu1,2
1College of Health Solutions, Arizona State University, Phoenix, AZ 85004, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 15, 2025
概括
细胞内蛋白质运输 (ICT) 严重影响细胞表面蛋白质水平,影响疾病. 我们的新计算工具MPET分析了CITE-seq数据,揭示了ICT失调如何改变蛋白质表达,即使没有转录变化.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 细胞内蛋白质运输 (ICT) 对于细胞功能和表面蛋白质表达至关重要.
- 失调的ICT通过改变细胞表面蛋白质,导致疾病和治疗耐药性.
- 通过测序对转录组和表皮质的细胞索引 (CITE-seq) 可以同时测量mRNA和表面蛋白质.
研究的目的:
- 开发一种计算框架,即蛋白质表达和运输 (MPET) 建模,以评估ICT在表面蛋白质表达中的作用.
- 使用CITE-seq数据调查ICT对差异性表面蛋白质表达的贡献.
- 分析ICT和表面蛋白调节中的与疾病相关的变化.
主要方法:
- 开发了MPET,这是一个包含三个模块的计算框架,用于分析ICT表面蛋白调节电路.
- 将MPET应用于来自COVID-19患者的单细胞CITE-seq数据.
- 评估了ICT活动和表面蛋白质表达水平之间的关系.
主要成果:
- 在COVID-19的进展过程中,MPET确定了情境依赖的ICT基因招募和途径重新连接.
- 失调的ICT显著改变了细胞表面蛋白质表达,独立于转录变化.
- 证明了MPET在剖析细胞表面蛋白的转录后调节中的实用性.
结论:
- MPET是一种新的计算工具,用于了解ICT在表面蛋白调节中的作用.
- 信息和通信技术通过调节细胞表面蛋白质表达,在疾病发病过程中发挥着重要作用.
- 这项研究提供了对疾病背景下转录后调节的机制性见解.
关键词:
在CITE-seqq.在 COVID-19 疫情中,免疫调节失调 免疫调节失调细胞内传输是细胞内传输.调解分析 调解分析混合效应建模混合效应建模转录后监管的规定.一个单细胞多细胞的奥米克.表面蛋白质的表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表达表现表现表现表现表现表现表现表现表现表现表现表现表现表现
