一个新的死后病原体发现程序检测了埃科病毒E7的爆发:乌干达,2022-2023年
Sonja L Weiss1,2, Nicholas Bbosa1,3,4, Gregory S Orf1,2
1Abbott Pandemic Defense Coalition (APDC), Abbott Park, IL, United States.
Frontiers in microbiology
|July 16, 2025
概括
乌干达的一项新的丧尸监控计划使用了元基因组下一代测序 (mNGS) 来检测已故个体中的各种病原体. 这种方法通过识别疫情和新出现的威胁来加强传染病监测和流行病准备.
科学领域:
- 公共卫生监督 公共卫生监督
- 传染病流行病学 传染病流行病学
- 基因组监测 基因组监测
背景情况:
- 常规的尸检是监测传染病的未充分利用的公共卫生工具.
- 疫情防控需要创新的策略,以早期检测新型和重新出现的病原体.
- 大基因组下一代测序 (mNGS) 在复杂的生物样本中提供无偏见的病原体检测.
研究的目的:
- 在乌干达建立和评估一个丧尸监控计划.
- 利用mNGS在已故个体中识别广泛的病原体.
- 评估尸体监测对公共卫生和流行病准备的有用性.
主要方法:
- 在坎帕拉的五个丧尸场所收集了2,607人的标本和元数据 (2022年10月 - 2023年12月).
- 对出血性发烧病毒进行RT-qPCR查.
- 对RT-qPCR负样本 (n=134) 的子集进行mNGS,用于全面检测病原体.
主要成果:
- 检测到广泛的DNA和RNA病毒,包括疹病毒,帕尔沃病毒,布法病毒,萨福德病毒,病毒和HAV病毒.
- 鉴定了巴托内拉,里克特西亚,肠杆菌和克莱布西拉等细菌感染,以及像Cryptococcus neoformans和Corynebacterium diphtheria这样的呼吸道病原体.
- 发现了B型肠道病毒 (重组埃科病毒E7) 的局部爆发,并确定大多数病原体是通过直接/间接接触传播的.
结论:
- 与mNGS集成的丧尸监测是检测未被识别的传染病爆发的强大策略.
- 这种方法有助于监测传染病的出现和重新出现.
- 这些发现突出了基于mNGS的丧尸监控在加强全球公共卫生安全方面的潜力.
