长期阅读的转录组件组件揭示了与代谢和内分泌功能相关的胎盘中的巨大异型多样性

科学领域:

• 基因组学和转录基因组学
• 发育生物学 发展生物学
• 生殖医学 生殖医学

背景情况:

• 胎盘对于胎儿发育和母亲的新陈代谢调节至关重要,但在基因组学中还未得到充分研究.
• 现有的胎盘转录基因分析经常使用成年组织参考,缺少对发育组织必不可少的关键同位素形式多样性.
• 了解胎盘功能需要详细的转录级信息,特别是在异形变异方面.

研究的目的:

• 使用长读RNA测序生成一个全面的胎盘转录参考.
• 在胎盘内识别新型异构体和未注释的基因.
• 证明异形水平分析在理解胎盘功能及其在妊娠糖尿病 (GDM) 中的作用方面的实用性.

主要方法:

• 在72个胎盘样本上进行了长读RNA测序,以创建一个全面的转录参考.
• 在12,302个基因中组装了37,661个高可靠性异构体,包括新型异构体和未注释的转录.
• 分析了来自两个独立队列 (N=344) 的GDM短读RNA-seq数据集,以确定异型特异性影响.

主要成果:

• 产生的胎盘参考与14,985已知基因的新型异型和2,759以前没有注释的转录.
• 鉴定了与肥胖,胎盘乳原生成和生长控制相关的基因中的广泛的异型多样性.
• 证明异型水平分析提高了37%的量化准确性,并确定了新的胆管体质母性激素1 (CSH1) 异型,它调解了GDM队列中母亲高血糖症对出生体重的影响.

结论:

• 与基因水平方法相比,胎盘转录学的异形水平注释提供了更高的灵敏度和特异性.
• 这种增强的精度对于理解胎盘功能在代谢编程和识别特定背景变化的理解至关重要.
• 开发的胎盘转录参考为未来关于胎盘功能,发育和疾病的研究提供了宝贵的资源.