APALORD:一种基于R的工具,用于对长时间读取的RNA-seq数据进行差异替代多化分析
Zhiping Zhang1, Heather Glatt-Deeley1, Lehan Zou2
1Department of Genetics and Genome Sciences, University of Connecticut School of Medicine, Farmington, CT, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|July 16, 2025
概括
APALORD是一个新的R工具,用于分析长时间读取的RNA测序数据中的替代多基化 (APA). 它准确地识别了多基化位点并量化了使用情况,揭示了各种细胞类型和组织中的3'UTR动态.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 替代多氨基化 (APA) 产生RNA异型多样性,影响基因表达调节.
- 长读 (LR) RNA测序为研究 APA 机制提供了新的可能性.
- 现有的工具可能无法充分利用LR RNA-seq数据进行全面的APA分析.
研究的目的:
- 介绍APALORD,这是一个基于R的工具,用于对LR RNA-seq数据的APA分析.
- 为了能够精确地识别和量化聚亚脱位 (PAS) 和它们的使用 (PAU).
- 为了促进不同生物条件和样本类型的差异性APA分析.
主要方法:
- APALORD使用3'-primed LR RNA-seq数据的精确3'-端信息.
- 它可以识别PAS,并在基因和个体PAS水平上量化PAU.
- 统计分析包括科尔莫戈罗夫-斯米尔诺夫测试 (基因水平) 和DEXSeq (PAS水平).
主要成果:
- 在人类胚胎干细胞 (hESC) 和衍生神经元的直接RNA-seq数据中,APALORD准确地识别了PAS.
- 观察到一个全转录组的3'UTR延长趋势,与之前的研究一致.
- 对PacBio cDNA和纳米孔R2C2数据的分析显示,3'UTR延长和与多体组分相关的APA变化.
结论:
- APALORD提供了一个强大的框架,用于使用LR RNA-seq数据进行差异性APA分析.
- 该工具有助于在不同的生物环境中调查3'端动态.
- APALORD使研究人员能够以更高的精度和范围探索APA机制.
