通过MS/MS光谱中的噪声信号过来提高光谱相似性和分子网络可靠性
Nicola Dalla Valle1,2,3, Mar Garcia-Aloy2, Peter Robatscher3
1University of Trento, Trento, TN 38100, Italy.
质谱学 (MS/MS) 光谱中的噪声阻碍了化合物识别. 这项研究表明,消除噪音可以提高光谱相似性,提高分子网络 (MN) 的可靠性,并使更准确的代谢学分析成为可能.
科学领域:
- 分析化学 分析化学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 质谱法 (MS/MS) 碎片化光谱对于化合物识别至关重要.
- 在MS/MS光谱中的噪声会对相似度得分和分子网络 (MN) 的可靠性产生负面影响,导致在非目标代谢学中错误的化合物注释.
研究的目的:
- 调查噪声对MS/MS相似性得分和分子网络结构的影响.
- 开发和验证数据特定的工作流程,以优化降低代谢学数据中的噪声.
主要方法:
- 分析MS/MS光谱数据和分子网络结构.
- 实施消除噪声技术和最小跨度树 (MST) 分析.
- 开发一个数据特定的denoising工作流程,包括MST距离和碎片离子计数.
主要成果:
- 消除噪音增加了同类化合物的光谱相似度,提高了匹配可负担性.
- 否定的MN表现出更好的结构,边缘更少,聚类更强,错误正连接减少.
- 一个特定于数据的工作流确定了最佳的无噪点值,平衡光谱质量和网络完整性.
结论:
- 在MS/MS频谱中有效的噪声管理对于准确的化合物识别和在非目标代谢学中可靠的分子网络构建至关重要.
- 开发的数据特定工作流程和一种新的,更快速的无声化方法为降低噪音提供了改进的方法.
- 优化的排名提高了代谢学数据分析的解释性和准确性.
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