AffMB:使用SHM引导的B细胞系谱树进行亲和力成熟分析.
Jiaqi Luo1,2, Yiping Zou1,2, Shuai Cheng Li1,2
1Department of Computer Science, City University of Hong Kong, Kowloon Tong, Hong Kong, China.
Bioinformatics (Oxford, England)
|July 17, 2025
概括
我们开发了AffMB,这是一个新的工具包,用于构建B细胞血统树,可以准确地跟踪亲和力成熟期间的抗体进化. 这种方法改进了现有的技术,通过确保亲子遗传和突变积累,帮助识别高亲和抗体.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 计算生物学 计算生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 在亲和成熟过程中,B细胞血统树模型免疫球蛋白基因进化.
- 目前的方法往往无法确保准确的亲子遗传和突变积累.
- 现有的工具可能与各种B细胞受体测序数据输入不兼容.
研究的目的:
- 开发一种新的工具包,AffMB (B细胞受体的亲和成熟),用于构建B细胞系谱树.
- 通过生成SHM顺序的,基于遗传的血统树来准确追踪亲和力成熟.
- 为了分析单细胞和批量B细胞受体测序数据.
主要方法:
- 开发了AffMB,这是一个开源的Python包.
- 实施了一种基于遗传的SHM排序的B细胞谱系树生成算法.
- 使用contig FASTA或AIRR重排TSV文件格式进行输入.
主要成果:
- AffMB成功地生成并可视化了反映亲和力成熟的B细胞系谱树.
- 在模拟中,SHM顺序继承树算法表现出与基准相比更高的性能.
- 对BNT162b2疫苗接种数据的应用使得可以推断免疫反应和识别潜在的高亲和抗体序列.
结论:
- AffMB提供了一种强大而准确的方法来分析B细胞受体进化.
- 该工具包解决了追踪遗传和突变积累现有方法的局限性.
- AffMB有助于识别高亲和抗体,并了解免疫反应.
