在临床和废水样本中检测SARS-CoV-2变体的滴滴数字RT-PCR方法
Feng Wang1, Yi Sun1, Liming Gong1
1Zhejiang Key Laboratory of Public Health Detection and Pathogenesis Research, Department of Microbiology, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention (Zhejiang CDC), Hangzhou, China.
Frontiers in microbiology
|July 18, 2025
概括
一种新的滴滴数字RT-PCR (RT-ddPCR) 方法可以准确地检测临床和废水样本中的SARS-CoV-2变体. 这种敏感和特定的测试提供了精确的量化,即使在较低的病毒载荷.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 准确检测SARS-CoV-2变种对于公共卫生监测至关重要.
- 现有的方法可能缺乏对各种病毒菌株的敏感性或特异性.
- 滴滴数字RT-PCR (RT-ddPCR) 为高精度的核酸量化提供了潜力.
研究的目的:
- 开发和验证一种敏感,特定和精确的RT-ddPCR方法来量化SARS-CoV-2变体.
- 在临床和环境样本中评估测试的性能.
- 为了比较RT-ddPCR与RT-qPCR用于变种检测.
主要方法:
- 设计了针对SARS-CoV-2 N和S基因的双原始探针集.
- 优化了RT-ddPCR回火温度,并确定了检测极限 (LOD).
- 对SARS-CoV-2变种和其他呼吸道病毒的评估特异性,并评估精度和可重复性.
主要成果:
- 最佳回火温度为53.5°C,原始,三角形和Omicron菌株的LODs较低 (3.87-6.12副本/反应).
- 试验显示高特异性,正确识别了30个SARS-CoV-2变体,没有交叉反应.
- 在临床样本中,RT-ddPCR与RT-qPCR具有很高的一致性 (98.65%),在废水样本中具有更高的灵敏度,检测出RT-qPCR遗漏的低病毒载量.
结论:
- 开发的RT-ddPCR试验提供了对SARS-CoV-2变种的敏感和特定检测.
- 该方法使得临床和环境样本中病毒载量的准确定量分析成为可能.
- RT-ddPCR是监测SARS-CoV-2变体的宝贵工具,特别是在低度样本中.
