病毒镜TM:使用HTS和基于云的分析,为植物病毒和病毒病毒诊断提供通用解决方案

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物安全是生物安全.

背景情况:

• 国际植物贸易增加了植物病毒传播的全球风险,威胁到粮食安全.
• 高通量测序 (HTS) 提供先进的病毒诊断,但面临数据分析和实施障碍.
• 病毒镜TM是一项云服务,旨在克服HTS的局限性,以可靠地识别病毒和病毒.

研究的目的:

• 评估ViroscopeTM算法用于植物病毒和植物病毒在进入后隔离环境中的植物卫生诊断.
• 评估ViroscopeTM在检测受调和新兴病毒病原体方面的性能.
• 将ViroscopeTM的诊断能力与RT-qPCR等传统方法进行比较.

主要方法:

• 使用Illumina®平台对来自入境后隔离的144个植物组织样本进行深度测序.
• 使用ViroscopeTM算法和传统RT-qPCR方法并行分析样本.
• 评估ViroscopeTM的检测能力,包括低病毒丰度和新兴病毒.

主要成果:

• 28.5%的被隔离植物携带了受管制和/或新出现的病毒和病毒病毒.
• 病毒镜TM在25%的植物中检测到新兴病毒,突显了传统方法错过的风险.
• 病毒镜TM与RT-qPCR有很高的相关性,并通过RT-qPCR检测出样本中呈阴性病毒.

结论:

• 病毒镜TM提高了病毒和病毒病毒检测的准确性,并为植物卫生诊断提供了宝贵的生物学见解.
• 基于云计算的平台通过使诊断变得用户友好和高效,促进全球采用HTS技术.
• 病毒镜TM通过识别传统方法可能忽略的潜在风险,包括新出现的病毒,来提高生物安全.