自然物质作为SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂的计算调查:虚拟查方法
Deepak K Lokwani1, Sangita R Chavan1, Shirish P Jain2
1Department of Pharmaceutical Chemistry, Rajarshi Shahu College of Pharmacy, Buldhana, Maharashtra, 443001, India.
Recent advances in anti-infective drug discovery
|July 21, 2025
概括
四种天然化合物对SARS-CoV-2 Mpro具有强烈的结合亲和力,这是COVID-19治疗的关键目标. 这些化合物表现出稳定的相互作用,表明它们有可能作为新型抗病毒药物对抗病毒.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 药物发现 药物发现
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 由SARS-CoV-2引起的COVID-19大流行突显了迫切需要有效的抗病毒治疗的必要性.
- SARS-CoV-2 主蛋白酶 (Mpro) 对于病毒复制至关重要,也是关键的治疗点.
- 目前的治疗选择有限,强调寻找新型抗病毒化合物.
研究的目的:
- 为了识别具有潜在的SARS-CoV-2抑制活性的天然化合物,Mpro.
- 用计算方法评估这些化合物的结合亲和力和稳定性.
- 探索这些化合物的潜力,作为COVID-19的独立或组合疗法.
主要方法:
- 使用分子对接,对224,205种天然化合物的SARS-CoV-2 Mpro进行虚拟查.
- 使用MM-GBSA计算用于结合自由能量的顶部化合物的评估.
- 100 ns分子动力学 (MD) 模拟以评估复杂的稳定性和相互作用.
主要成果:
- 四种天然化合物 (ZINC000085626103,ZINC000085625768,ZINC000085488571,ZINC000085569275) 显示出强烈的结合亲缘关系. 这四种化合物中,只有一个具有强烈的结合亲缘关系.
- MD模拟证实了Mpro的稳定复合体,其中ZINC000085488571显示了最低的蛋白质RMSD.
- 化合物与关键活性部位残留物相互作用,保持稳定的键和结构完整性.
结论:
- 已识别的天然化合物在SARS-CoV-2 Mpro活性部位具有强大的结合亲和力和结构稳定性.
- 与催化相关残留物的一致接触表明潜在的抑制活性.
- 这些化合物是作为COVID-19的抗病毒剂进一步调查的有希望的候选者.
