重新利用蛋白质纳米LC-MS平台用于非目标代谢学:评估人类血中DIA和极性切换性能
Frederico G Pinto1,2, Alexander D Giddey1, Nesrin Mohamed1
1Center for Applied and Translational Genomics (CATG), Mohammed Bin Rashid University of Medicine and Health Sciences (MBRU), Dubai Health, Dubai, United Arab Emirates (UAE).
Expert review of proteomics
|July 21, 2025
概括
通过数据独立获取 (DIA) 来重新利用蛋白质组学纳米LC-MS平台用于非目标代谢组学,显示出有前途. 单独的极性运行检测到比极性切换更多的代谢物,支持多omics分析的统一平台.
科学领域:
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生物化学
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 先进的质谱法 (MS) 方法,如纳米流LC-MS与数据独立采集 (DIA),在蛋白质组学中广泛使用.
- 这些蛋白质组学优化的方法需要对代谢组学应用进行验证和优化.
研究的目的:
- 评估重新使用蛋白质学优化的纳米LC-MS平台用于非目标代谢学的可行性.
- 为了比较DIA条件下的极性切换与分离极性模式的性能,用于代谢学.
主要方法:
- 使用了NIST SRM 1950参考人体血.
- 使用nanoLC-MS与DIA进行极性切换和分离极性模式的比较.
- 专注于代谢物覆盖,注释和响应线性.
主要成果:
- 单独的极性运行检测到更多的特征 (669个在 (+) 模式,558个在 (-) 模式) 比切换极性运行 (353个在 (+) 模式,446个在 (-) 模式).
- 标注了233种使用单独极性的代谢物和179种使用切换极性的代谢物,参考了北美MassBank (MoNA) 和人类代谢数据库 (HMDB).
- 这两种方法都证明了对尖氨基酸的良好反应线性.
结论:
- 用于代谢学的极性切换DIA减少了样本使用和分析时间,但与单独的极性运行相比,检测到的特征和注释较少.
- 这些发现支持使用统一的纳米LC-MS平台进行集成的多omics分析.
