:单细胞免疫谱系轨迹分析在R
Jiawei Yu1, Xiaohan Xu1, Nicholas Borcherding2
1Ian Frazer Centre for Children's Immunotherapy Research, Child Health Research Centre, Faculty of Health, Medicine and Behavioural Sciences, The University of Queensland, Australia.
Computational and structural biotechnology journal
|July 21, 2025
概括
这项研究介绍了 dandelionR,这是一个用于分析单细胞RNA测序和自适应性免疫受体测序数据的R包. 它可以为R用户提供VDJ特征空间构建和轨迹分析,增强淋巴细胞发育研究.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和自适应性免疫受体 (AIR) 测序 (scVDJ-seq) 是研究淋巴细胞发育的强大工具.
- 由Python包Dandelion引入的VDJ特征空间方法,集成了单细胞AIR和基因表达数据,用于增强的轨迹分析.
- 目前,对于这种VDJ特征空间方法,没有基于R的等价值.
研究的目的:
- 为scRNA-seq和scVDJ-seq数据分析开发基于R的花工作流的实现.
- 为R用户提供VDJ功能空间构建和轨迹分析的工具.
- 为了促进研究的淋巴细胞发育使用R.环境中集成的单细胞奥米克数据.
主要方法:
- 在R.中实施VDJ特征空间建设方法.
- 扩散图和吸收马尔科夫链的应用用于轨迹分析.
- 开发 dandelionR 软件包,作为 Dandelion Python 软件包的基于 R 的替代方案.
主要成果:
- 丹 VDJ 功能空间方法成功移植到 R 编程语言.
- dandelionR使R生态系统内的集成scRNA-seq和scVDJ-seq数据的轨迹分析成为可能.
- 为R用户提供了分析淋巴细胞发育和免疫谱系动态的新选择.
结论:
- dandelionR填补了一个关键的空白,提供了一个基于R的解决方案,用于集成scRNA-seq和scVDJ-seq轨迹分析.
- 该包使R用户能够利用VDJ特征的先进空间方法进行免疫学研究.
- 提高了单细胞免疫学研究的复杂计算工具的可访问性和适用性.
