使用纳米孔DRS和未经修改的转录组控制进行伪乌里丁修饰的差异分析协议
Oleksandra Fanari1, Michele Meseonznik1, Dylan Bloch1
1Department of Bioengineering, Northeastern University, Boston, MA, USA.
STAR protocols
|July 22, 2025
概括
本协议详细说明了使用纳米孔直接RNA测序检测信使RNA (mRNA) 中的伪乌里丁修饰的方法. 它分析动态mRNA变化,以应对细胞干扰和蛋白质敲击.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 在RNA生物学,RNA生物学.
背景情况:
- 伪尤里丁是最丰富的mRNA修饰.
- 在基因表达调节中,mRNA的修改起着至关重要的作用.
- mRNA修饰的动态变化与细胞状态和反应有关.
研究的目的:
- 提出一个全面的检测伪尿素的协议.
- 使用纳米孔直接RNA测序分析mRNA修饰的动态变化.
- 在不同的细胞条件下量化伪化变化的测量.
主要方法:
- RNA提取和多分子A选择.
- 纳米孔直接RNA测序 (DRS). 纳米孔直接RNA测序.
- 在体外转录 (IVT) 库准备用于未经修改的转录组控制.
- 写作蛋白的破坏. 写作蛋白.
- 生物信息分析包括预处理,psi-site识别和差异分析.
主要成果:
- 在各种细胞类型和状态中测量伪乌里丁位点的量化.
- 识别响应干扰的mRNA修饰的动态变化.
- 验证该协议检测伪尿化变化的能力.
结论:
- 提出的协议使得可靠的检测和分析伪尿素修改.
- 这种方法可以研究mRNA修饰的动态变化,以应对细胞干扰.
- 这些发现为研究伪尿化在基因调节中的功能性作用提供了框架.
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