结合单细胞染色体转录组的分析和跨大脑细胞类型,区域和疾病状态的拼接

科学领域:

• 神经科学是一个神经科学.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 在冷组织中同时测量RNA剪接和染色质可访问性是技术上具有挑战性的.
• 了解这些分子层之间的相互作用对于破译基因调节至关重要.

研究的目的:

• 开发和应用一种新的方法,用于同时对RNA剪接和染色质可访问性进行单细胞分析.
• 研究拼接模式与不同细胞类型,大脑区域,物种和阿尔茨海默病中的染色质可访问性之间的相关性.

主要方法:

• 开发单细胞异形RNA测序和检测转化酶可访问的染色体 (ScISOr-ATAC).
• 在冷的人类和 rhesus macaque 皮质组织样本上应用 ScISOr-ATAC.
• 在定义的"细胞状态"中分析基因表达,拼接和染色质可访问性.

主要成果:

• ScISOr-ATAC成功地测量了从冷组织中单细胞中的拼接和染色质可访问性.
• 同一个细胞类型内的细胞状态之间,剪接模式可能会有所不同,这与染色质可访问性有关.
• 在子激发神经元亚型中观察到脑区域特定的拼接和染色质可访问性.
• 一个分子模式的进化分歧不会预测另一种分子模式的分歧.
• 在阿尔茨海默氏症中,氧基细胞在染色质和拼接中都表现出显著的失调.

结论:

• ScISOr-ATAC是一种强大的工具,用于解剖冷组织中的合基因调节机制.
• 细胞状态和大脑区域/物种差异影响了拼接和染色质可访问性之间的关系.
• 异常拼接和基细胞中的染色质可访问性可能会导致阿尔茨海默氏病的病理学.