从三维染色体结构中的lincRNA-蛋白编码基因相互作用网络中检测白血病生物标志物的全基因组检测

科学领域:

• 基因组学和分子生物学
• 癌症研究 癌症研究
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 人类基因组表现出广泛的转录,产生各种RNA分子,包括长跨基因非编码RNA (lincRNAs).
• 虽然lincRNAs具有差异表达,但它们对基因调节的功能影响仍然在很大程度上未知.
• 了解lincRNA的作用对于破译复杂的生物过程和疾病机制至关重要.

研究的目的:

• 研究人类基因组中lincRNA基因和蛋白质编码基因之间的相互作用.
• 探索lincRNAs在基因调节中的潜在作用,特别是通过R循环结构和转录因子结合.
• 通过基因组网络分析,确定急性髓性白血病 (LMAL) 的新生物标志物和治疗点.

主要方法:

• 构建人类基因组交互网络,分析lincRNA和蛋白质编码基因之间的关系.
• 对lincRNA基因的RNA聚合酶II占用率的评估,以了解转录动态.
• 分析相互作用基因的促进子区域中的R环结构和转录因子结合位.
• 网络和子网络拓分析以确定LMAL的潜在生物标志物.

主要成果:

• 在lincRNA基因和蛋白质编码基因之间观察到频繁的相互作用,与RNA聚合酶II占用率相关.
• lincRNA基因表现出比蛋白质编码基因更高的网络度,这表明它们具有重要的调节作用.
• 相互作用的蛋白质编码基因的促进子区域被R环结构和转录因子结合部位丰富.
• 指蛋白668 (ZNF668),乙氨基粒体体生成转录 (EGOT) 和谷氨酸甲基增生受体7 (GRM7) 被确定为LMAL的潜在生物标志物.
• 帕西雷酸被确定为LMAL患者的潜在治疗剂.

结论:

• lincRNAs可能通过R循环结构和转录因子结合的调制来影响向蛋白质编码基因.
• 基因组相互作用网络,特别是lincRNA促进器网络,是发现癌症生物标志物的宝贵工具.
• 已识别的生物标志物 (ZNF668,EGOT,GRM7) 和药物 (帕西雷酸) 在急性髓性白血病的诊断和治疗方面表现有前途.