计算土壤微生物群落:qPCR平台和mastermix对准确性和精度的影响

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 分子生态学分子生态学
• 土壤科学 土壤科学

背景情况:

• 定量聚合酶连锁反应 (qPCR) 是土壤微生物生态学的一个关键工具.
• 在大规模研究中,共同提取的抑制剂和实验室间的变异威胁到准确性.
• 为了可靠的微生物社区量化,需要标准化.

研究的目的:

• 在土壤样本中评估商业主混合物对qPCR的性能.
• 评估不同平台,土壤类型和抑制剂对qPCR准确性和精度的影响.
• 确定影响土壤微生物群落可靠量化的因素.

主要方法:

• 使用土壤样本,模拟社区和阳性对照,在三个平台上测试了四种商业大师混合.
• 评估了放大成功,对抑制剂的敏感性 (有或没有牛血清白蛋白),准确性和精度.
• 分析了微生物基因标的试验内和试验间的变异性.

主要成果:

• 主组合和平台组合显著影响了放大器的成功和准确性.
• 抑制剂的敏感性各不相同,在一个主混合物中,牛血清白蛋白具有缓解作用.
• 精度受到基因标,平台,样本矩阵和模板度的影响.
• 观察到高的试验内变异性 (35.33%的失败值) 和不可靠的试验间量化.

结论:

• 精心选择和配对主混合物和平台对于在土壤微生物生态学中准确的qPCR至关重要.
• 测试间和测试内部的变化对数据解释构成重大风险.
• 解决抑制剂和优化测定条件对于强大的微生物社区量化至关重要.