通过短读和长读基因组测序识别的CHD基因附近的双重重复元素变体的丰富
Abhilash Suresh1, Sarah U Morton2,3, Daniel Quiat4,5
1Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.
在一个大型队列中,在先天性心脏病 (CHD) 基因附近发现了短串重复 (TR) 变异. 这些TR变体在患有心脏病的个体中被丰富,这表明它们在疾病发展中的作用.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 基因组学就是基因组学.
- 心血管生物学 心血管生物学
背景情况:
- 先天性心脏病 (CHD) 是儿童死亡率和发病率的重要原因.
- 遗传因素有助于心脏病,但许多病例缺乏遗传诊断.
- 以前难以研究的短串重复 (TR) 元素具有高度多态性,可能在遗传疾病中发挥作用.
研究的目的:
- 为了识别与先天性心脏病 (CHD) 相关的短串重复 (TR) 变体.
- 调查TR变异对已知的CHD基因表达的潜在影响.
主要方法:
- 利用短读序列和gangSTR管道用于调用大量CHD患者和对照组的变异调用.
- 采用长读测序来确认TR元素变异基因型.
- 对已知的CHD基因进行了 de novo 和遗传 TR 元素变异的分析.
主要成果:
- 在1,899名CHD参与者和1,932名对照中,在已知的CHD基因附近确定了de novo和遗传的TR元素变异.
- 观察到TR元素区域的显著丰富 (1.54倍),在CHD队列中具有多个de novo变异.
- 在患有心脏病的人群中,在心脏病基因CACNA1C,EVC2和Tab2附近发现了TR元素变异的特定丰富.
结论:
- 每个患有心血管疾病的个体在心血管疾病基因附近大约有一种de novo TR元素变异.
- 在患有冠状动脉疾病的参与者中,TR元素变异在特定区域内显示集群.
- 在CHD队列中,CACNA1C,EVC2和Tab2附近的De novoTR变异被丰富,表明它们的潜在功能影响.
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