准登革热病毒NS5-甲基转移酶SAM结合部位的limonoids:分子对接,动力学模拟,DFT和ADMET分析
Purna Chandra Pal1, Bhanuranjan Das2
1Department of Pharmaceutical Technology, Brainware University, West Bengal, 700125, India.
Computers in biology and medicine
|July 27, 2025
概括
这项研究选了500种limonoids对登革热病毒NS5甲基转移酶,识别demethyl-iso-swietenolide (DIS) 作为一个有前途的抗病毒药物候选者,具有稳定的结合和有利的相互作用.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 药物发现 药物发现 药物发现
- 计算化学计算化学
背景情况:
- 登革热病毒 (DENV) 构成了全球健康的重大威胁,每年有超过1亿例感染,没有批准的抗病毒疗法.
- DENV NS5甲基转移酶 (NS5-MTase) 是一种关键的病毒酶,也是抗病毒药物开发的有希望的目标.
- 利蒙类,是一种植物化合物,表现出已知的药理活性,并正在探索抗病毒潜力.
研究的目的:
- 针对DENV NS5-MTase的S-adenosyl-L-methionine (SAM) 结合部位进行一个大规模的在体虚拟选.
- 为了确定潜在的小分子抑制剂,以DENV NS5-MTase酶为目标.
- 用计算方法评估顶级的类化合物的结合稳定性和相互作用概况.
主要方法:
- 使用分子对接对DENV NS5-MTase的SAM结合部位进行500个limonoid的虚拟选.
- 分子动力学 (MD) 模拟以评估蛋白质-连接体复合物的稳定性.
- 有约束力的免费能源计算 (MM-PBSA),in silico ADMET 分析,以及用于进一步评估的 DFT 计算.
主要成果:
- 三种顶级的化物化合物,即7-deacetyl-21-hydroxyneotrichilenonelide (DHC),demethyl-3-detigloyl-iso-swietenine (DDIS) 和demethyl-iso-swietenolide (DIS),分别具有9.4,9.5和9.9kcal/mol的对接分数.
- 在MD模拟中,DIS显示出最稳定的结合形态,形成3-4个H键/n,并保持RMSD低于0.15nm.
- MM-PBSA,ADMET和DFT的分析进一步支持DIS作为最有前途的候选人对抗DENV.
结论:
- 甲基-同位素-swietenolide (DIS) 成为最有前途的植物化合物抑制剂,向DENV NS5-MTase.
- 这项研究为开发针对登革热的新型利蒙基抗病毒疗法提供了强大的计算基础.
- 需要进一步的实验验证,以确认DIS对DENV的抗病毒疗效.
