AUTO-SP:用于分析蛋白质和蛋白质修饰的自动样本准备
T Mamie Lih1, Liyuan Jiao1, Lijun Chen1
1Department of Pathology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, Maryland 21231, United States.
Analytical chemistry
|July 28, 2025
概括
一个新的自动化样本准备平台,AUTO-SP,简化了蛋白质消化和转化后修饰 (PTM) 丰富,用于质谱. 这种方法确保了可重现的蛋白质组分析,在乳腺癌样本中识别了数千种和无处不在的.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物化学 生物化学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 液体染色学双重质谱 (LC-MS/MS) 对于研究疾病中的蛋白质变化和翻译后修饰 (PTM) 非常重要.
- "自下而上的蛋白质组学"依赖于蛋白质的酶性消化,将其转化为类,用于MS分析.
- 可复制的PTM丰富和蛋白质消化协议对于准确的蛋白质分子表征至关重要.
研究的目的:
- 开发AUTO-SP,用于蛋白质消化和PTM丰富的自动样品准备平台.
- 为了证明AUTO-SP使用患者衍生异种移植 (PDX) 乳腺癌组织的疗效.
- 为了提高基于质谱的蛋白质和PTM分析的可靠性和可重复性.
主要方法:
- 开发AUTO-SP用于自动化比辛酸 (BCA) 分析,蛋白质消化和PTM丰富.
- 应用AUTO-SP对基底类和光线亚型PDX乳腺癌瘤组织的应用.
- 使用数据独立获取 (DIA) -MS进行蛋白质组和PTM分析.
主要成果:
- 在相同的乳腺癌亚型 (相关系数≥0.98) 中,AUTO-SP启用了高度相关的蛋白质组数据.
- 使用AUTO-SP.识别了超过25,000个类和14,000个无处不在的类.
- 在基底类和光类亚型之间从差异表达的无化中发现了独特的丰富途径.
结论:
- AUTO-SP为基于MS的蛋白质组学提供了可靠和可重复的自动化样品准备解决方案.
- 该平台有效地支持对癌症组织等复杂生物样本中的蛋白质改变和PTM的分析.
- 通过PTM分析,AUTO-SP可以更深入地了解乳腺癌中亚型特定的分子机制.
