用AI-HOPE-JAK-STAT解读结直肠癌中的JAK-STAT轴:对临床基因组集成的一种对话式人工智能方法
Ei-Wen Yang1, Brigette Waldrup2, Enrique Velazquez-Villarreal2,3
1PolyAgent, San Francisco, CA 94102, USA.
这项研究介绍了AI-HOPE-JAK-STAT,这是一个AI平台,用于探索Janus酶信号转换器和转录激活器 (JAK-STAT) 在结直肠癌 (CRC) 中的途径改变. 该平台揭示了特定患者群体的生存优势,包括早期发病的CRC和用FOLFOX.X治疗的患者.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 人工智能的人工智能
背景情况:
- 简氏酶信号转换器和转录激活器 (JAK-STAT) 途径对于免疫调节,炎症和癌症至关重要.
- 它在结直肠癌 (CRC) 发病过程中的作用,特别是早期发病的CRC (EOCRC),需要进一步描述.
- 对于CRC中JAK-STAT变化的分子异质性和临床意义,在不同的环境中尚不完全理解.
研究的目的:
- 推出AI-HOPE-JAK-STAT,一个新的对话性AI平台,用于实时,自然语言驱动的CRC中JAK/STAT路径改变的探索.
- 整合临床,基因组和治疗数据,用于精密瘤学的动态,产生假设的分析.
- 为了使用户能够在不需要编码专业知识的情况下探索JAK/STAT路径的改变.
主要方法:
- 开发AI-HOPE-JAK-STAT,结合大型语言模型 (LLM) 和自然语言到代码引擎.
- 从cBioPortal集成协调的公共CRC数据集,用于队列选择,生存分析和突变概况.
- 通过复制已知的JAK1,JAK3和STAT3突变关联并对年龄,治疗,阶段和部位进行探索性分析来验证平台.
主要成果:
- 该平台证实了EOCRC患者具有JAK/STAT通路改变的改善生存率.
- 在FOLFOX治疗的CRC队列中,JAK/STAT改变的瘤显著提高了整体存活率 (p < 0.0001).
- 较年轻的患者 (年龄<50岁) 具有JAK/STAT突变证明了生存优势 (p = 0.0379),而STAT5B突变与有利的趋势相关 (p = 0.0000).
- 微卫星稳定的瘤中的JAK1突变没有影响存活率,突出显示了分子背景的重要性.
- 与第四阶段相比,I-III阶段的JAK3突变瘤的存活率更高 (p = 0.00001),强调阶段是关键决定因素.
结论:
- AI-HOPE-JAK-STAT为CRC的途径级分析设定了新的标准,赋予了假设生成和测试的权力.
- 该系统改善了对精确瘤学分析的访问,促进了生存趋势和治疗反应模式的可扩展,实时发现.
- 它支持在没有编码专业知识的情况下,在分层患者队伍中识别突变关联和生存趋势.
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