长期等离子体存储对无细胞DNA表观遗传生物标志物研究的影响
Jianming Shao1, Thao Nguyen1, Zejuan Li1,2,3
1Department of Pathology and Genomic Medicine, Houston Methodist Hospital, Houston, TX 77030, USA.
Biomolecules
|July 29, 2025
概括
长期储存血显著影响无细胞DNA (cfDNA) 分析,增加基因组DNA (gDNA) 污染. 这种污染损害了cfDNA和5-hydroxymethylcytosine (5hmC) 测序质量,影响了生物标志物的可靠性.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 基因组学就是基因组学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 无细胞DNA (cfDNA) 表观遗传标记物,如5-基甲基细胞素 (5hmC),在疾病检测方面表现有前途.
- 长期血储存对cfDNA和5hmC分析质量的影响尚不清楚.
研究的目的:
- 评估长时间 (长达14年) 的血存储对cfDNA数量,质量和5hmC测序的影响.
- 在存储样本中识别导致cfDNA和5hmC分析受损的因素.
主要方法:
- 分析了来自固体瘤患者,急性髓性白血病 (AML) 患者和非癌症患者的1070个血样本.
- 评估cfDNA产量,5hmC测序独特映射读数 (UMRs) 和基因组DNA (gDNA) 污染.
- 统计分析以关联储存时间,gDNA污染和测序质量指标.
主要成果:
- 在长期存储的样本中,cfDNA产量稳定,但在固体瘤和对照组中,5hmC UMRs下降.
- 长期储存增加了固体瘤和AML样本中的gDNA污染,与对照组的UMR降低相关.
- 在所有样本类型中,gDNA污染降低了cfDNA完整性,测序库的成功,以及5hmC UMR.
结论:
- 延长的血存储增加了gDNA污染,影响了cfDNA和5hmC测序质量.
- 在长期的血存储过程中,尽量减少gDNA污染对于可靠的cfDNA生物标志物分析至关重要.


