综合单细胞分析剖析了肝细胞癌中瘤相关的巨细胞可塑性背后的调节机制
Yu Gu1, Wenyong Zhu1, Zhihui Zhang2
1State Key Laboratory of Digital Medical Engineering, School of Biological Science and Medical Engineering, Southeast University, Nanjing 210096, China.
Genes
|July 29, 2025
概括
这项研究绘制了肝癌 (HCC) 瘤相关巨细胞 (TAM) 的表观遗传格局,揭示了基因调控如何驱动TAM多样性,并将SPP1+TAM确定为不良预后标记物和潜在的治疗点.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 瘤相关巨细胞 (TAMs) 显著影响肝细胞癌 (HCC) 微环境.
- 在HCC中TAMs的表观遗传异质性和调节机制尚不清楚.
研究的目的:
- 在高分辨率下使用集成单细胞分析对TAM亚型进行剖析.
- 确定细胞类型特定的调节元素,并发现塑造TAM状态的转录程序.
- 在HCC中提名TAM导向免疫治疗的潜在治疗点.
主要方法:
- 从HCC患者的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据的综合分析.
- 染色质可访问性与基因表达的相关性,以确定候选 cis 调节元件 (CREs).
- 对TAM子集的预测意义评估和监管网络的构建.
主要成果:
- 在HCC中对TAM监管格局的划定,强调细胞类型特定的染色质可访问性.
- 鉴定了65,342个CREs,其中远端CREs在细胞类型特定调节中起着重要作用.
- 发现瘤核心中富含SPP1+TAMs,与HCC预后不佳有关,以及从库普弗细胞的潜在过渡.
结论:
- 提供了一个全面的染色质可访问性地图,用于TAMs在HCC.
- 揭示了远程CRE驱动的转录程序在塑造TAM状态中的作用.
- 建立了理解TAM表观遗传调节的基础,并确定了HCC免疫治疗的潜在治疗点.
