RxnCluster:一种基于Web的工具,用于探索导致通过数字化典型的生物合成模式来准分子的反应集群

科学领域:

• 生物技术是生物技术.
• 计算化学计算化学
• 合成生物学 合成生物学

背景情况:

• 生物合成途径是对分子生产至关重要的序列反应.
• 目前的in silico方法往往忽略了多步合成策略.
• 分子结构可以被分为子结构,这表明类似的生物合成方法.

研究的目的:

• 开发一个用户友好的平台,用于数字化典型的生物合成模式.
• 为了能够识别分子生物合成的多步反应途径.
• 为了促进新生物合成策略的途径采矿.

主要方法:

• 基于基因集群概念构建了一个名为RxnCluster的平台.
• 将典型的生物合成模式数字化为反应规则集群.
• 开发了一个包含14378个生物合成模式和37317个反应组合的数据库.

主要成果:

• RxnCluster成功地通过1到4个步骤识别了反应集群.
• 识别的途径与湿实验室的实验结果一致.
• 该平台还揭示了新的,以前未报告的反应集群.

结论:

• RxnCluster代表了一种新的方法来挖掘分子生物合成的途径.
• 该平台有助于发现多样化和高效的合成策略.
• 这种工具有可能加速识别新的生物合成途径.