在Clostridioides difficile中,利法西敏耐药性与特定的rpoB等位基因和多局部序列类型 (MLST) 基因组有关

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 遗传学 遗传学 是一个
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 克洛斯特里迪奥伊德困难感染 (CDI) 治疗正在发展,Rifaximin (RFX) 作为一种潜在的选择.
• 了解各种C. difficile菌株的RFX易感性对于有效的治疗策略至关重要.

研究的目的:

• 评估Clostridioides difficile分离的全球队列中的Rifaximin (RFX) 敏感性.
• 确定与RFX耐药性相关的遗传决定因素,特别是rpoB基因突变.
• 为了将抗性模式与遗传学分类和序列类型相关联.

主要方法:

• 对来自德国,印度尼西亚和加纳的129个C. difficile分离物的最低抑制度 (MIC) 确定了阿加尔稀释试验.
• 对50个代表性分离物进行了全基因组测序,重点关注高RFX MICs的分离物.
• 使用rpoB基因测序和多位序列类型 (MLST) 来识别耐药性等位基因和家族遗传关系.

主要成果:

• 总体RFX耐药性为10.1%,与德国 (4.7%) 和加纳 (7.1%) 隔离物相比,印度尼西亚隔离物 (27.6%) 的比率明显更高.
• 三种不同的rpoB等位基因与RFX耐药性相关,与特定的MLST序列类型和家族遗传学分类1,2和4相关.
• 在rpoB基因中确定了七种氨基酸替代;有些是新型抗性相关的等位基因,而另一些则代表中性突变.

结论:

• 显著的RFX耐药性流行,特别是在印度尼西亚的C. difficile分离物中,需要仔细考虑RFX治疗.
• RFX耐药性与rpoB基因中的特定氨基酸替代有关,有证据表明它在不同的C. difficile类别中独立出现.
• 确定了与RFX耐药性相关的新型rpoB等位基因,有助于理解C. difficile中的抗菌素耐药性机制.