使用分子动力学模拟来计算预测阿拉基多酸5-氧酶激活蛋白的致病变体
Mohamed E Elnageeb1, Imadeldin Elfaki2, Gad Allah Modawe3
1Department of Medical Laboratory Sciences, College of Applied Medical Sciences, University of Bisha, Bisha, Kingdom of Saudi Arabia.
PloS one
|July 30, 2025
概括
阿拉基酸5-氧酶激活蛋白 (ALOX5AP) 的遗传变异会影响其结构和功能. 分子动力学模拟揭示了L12F和A56V变异如何改变ALOX5AP的稳定性,可能影响炎症和心血管疾病风险.
科学领域:
- 生物化学和分子生物学
- 遗传学和基因组学 在
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 阿拉基酸5-氧激酶激活蛋白 (ALOX5AP) 对于白血 (LT) 合成至关重要,它是与心血管疾病 (CVD) 和中风相关的炎症过程中的关键媒介.
- ALOX5AP的遗传变异与心血管疾病和中风的风险增加有关,这表明它在蛋白质的稳定性和功能中发挥了作用.
研究的目的:
- 通过分子动力学 (MD) 模拟来研究特定ALOX5AP变体 (L12F,A56V,G75R,G87R) 的结构后果.
- 阐明这些变异对ALOX5AP稳定性,动态和功能的潜在影响.
主要方法:
- 采用了分子动力学 (MD) 模拟和一套生物信息学工具 (SIFT,PolyPhen-2,PANTHER,SNPs&GO,PhD-SNP,i-Mutant,MuPro,MutPred,ConSurf,GROMACS) 进行模拟.
- 分析了每个变体的结构紧性,溶剂可访问性,旋转半径,键和根平均平方偏差 (RMSD) 的变化.
主要成果:
- 该L12F变种增加了ALOX5AP的结构紧性,减少了溶剂可访问性和结合.
- A56V变种破坏了ALOX5AP的稳定性,增加了RMSD和溶剂可访问的表面积,同时减少了紧性.
- G75R和G87R变种对野生型ALOX5AP有轻微影响,但模拟表明它们会诱导不稳定性和结构扰动,可能是由于引入的电荷.
结论:
- ALOX5AP变体L12F和A56V显著影响蛋白质结构和稳定性,而A56V则导致不稳定.
- 尽管G75R和G87R的变种最初有轻微的影响,但它们可能会引起不稳定性和结构性扰动,可能会影响ALOX5AP的功能.
- 需要进一步的病例控制和蛋白质功能研究来验证这些发现及其对心血管疾病和中风的影响.
