开发和应用GlycanDIA工作流程用于糖性分析.
Yixuan Xie1,2,3, Xingyu Liu4, Li Yi5
1State Key Laboratory of Genetic Engineering, Greater Bay Area Institute of Precision Medicine (Guangzhou), School of Life Sciences and Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, Shanghai, China. xieyixuan@ipm-gba.org.cn.
Nature communications
|August 1, 2025
概括
我们开发了GlycanDIA,这是一种用于识别和量化甘氨酸的敏感方法. 这种工作流揭示了RNA和蛋白质上不同的甘氨酸配置文件,表明它们具有独特的生物作用.
科学领域:
- 葡萄糖药物和质谱仪测量
- 细胞生物学和疾病机制
背景情况:
- 甘氨酸形成细胞表面的葡萄糖体,调节细胞过程.
- 改变的糖化模式与疾病的发病和进展有关.
- 对于复杂的样本,现有的糖组学方法在灵敏度和精度方面存在局限性.
研究的目的:
- 引入GlycanDIA,一种基于数据独立获取 (DIA) 的新型糖体工作流.
- 开发GlycanDIA Finder,一种通用搜索引擎,用于从DIA数据中自信地识别甘氨酸.
- 分析和比较RNA和蛋白质上的N-甘氨酸,包括稀少物种.
主要方法:
- 实现基于DIA的糖性工作流,结合高能碰撞解离 (HCD) -MS/MS和分阶窗口.
- 开发了GlycanDIA Finder搜索引擎,使用代诱来搜索增强的甘氨酸识别.
- 工作流程的应用,以区分甘氨酸组成和异构体 (N-甘氨酸,O-甘氨酸,HMOs) 和档案甘氨酸RNA.
主要成果:
- 甘氨酸DIA在甘氨酸识别和定量方面表现出高灵敏度和精度.
- 工作流程成功区分了甘氨酸异构体,并识别了低丰富度的改性甘氨酸.
- 对glycoRNA的分析显示,与蛋白质甘氨酸相比,N-甘氨酸的丰度明显,具有组织特异的变化.
结论:
- 甘氨酸DIA为敏感和精确的甘氨酸分析提供了重大进步.
- 开发的工作流允许对RNA分子上的N-甘氨酸进行全面的分析.
- 显而易见的glycoRNA配置文件表明RNA-glycans在生物过程和组织中具有独特的功能作用.
