在临床样本中进行SARS-CoV-2基因定型的长读单分子实时测序的性能
Pauline Trémeaux1, Justine Latour1, Camille Vellas1,2
1Virology Laboratory, Toulouse University Hospital, Toulouse, France.
Journal of medical virology
|August 2, 2025
概括
PacBio单分子实时 (SMRT) 测序显示了SARS-CoV-2类型的83.6%灵敏度,尽管比Illumina少. 由于长片段放大,SMRT测序在识别共感染方面更有效.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 持续的SARS-CoV-2遗传进化需要先进的全基因组测序来准确的病毒类型.
- 已经开发出各种测序技术,以满足SARS-CoV-2变种监测的需求.
研究的目的:
- 评估PacBio单分子实时 (SMRT) 测序对SARS-CoV-2型的性能和准确性.
- 为了比较SMRT测序与短读Illumina测序用于SARS-CoV-2变体识别.
主要方法:
- 用PacBio SMRT测序分析了2023年1月至2024年6月期间收集的1646个临床样本.
- 用两个内部质量控制来评估可复制性,其读取深度中位数高 (1154X和1059X).
- 性能与Illumina测序进行了比较,使用同一时期的271个样本.
主要成果:
- SMRT测序显示总体灵敏度为83.6%,与病毒载量相关.
- 在同一时期,Illumina测序实现了90.8%的更高的整体灵敏度.
- 由于长片放大,SMRT测序在联合感染期间更有效地识别出不同的血统,尽管由于Pango分类学更新的快速更新而造成的细微血统差异.
结论:
- 无论是PacBio SMRT和Illumina测序,都为流行病学和临床研究提供了准确的SARS-CoV-2类型.
- SMRT测序在解决共同感染方面具有优势,补充了Illumina测序的更高灵敏度.
- 对测序技术的持续评估对于在病毒进化过程中有效监测SARS-CoV-2至关重要.
