在英国,在持久感染的个体中,SARS-CoV-2基因组多样性和宿主内部进化:一种观察性,纵向性,基于人口的监测研究
Mahan Ghafari1, Steven A Kemp1, Matthew Hall1
1Pandemic Sciences Institute, University of Oxford, Oxford, UK; Big Data Institute, Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, Oxford, UK.
在社区中持续的SARS-CoV-2感染显示在宿主进化中存在变异,在某些情况下突变率加速. 经过第一个月后,这些长期感染的进一步传播似乎很少发生.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 持续的SARS-CoV-2感染可以加速病毒的进化,特别是在免疫力低下的个体中,可能导致新的变种.
- 对于一般人群中持续性SARS-CoV-2感染的进化动态和传播风险的理解有限.
研究的目的:
- 在大型社区监测研究中确定的一种持久性感染期间,描述SARS-CoV-2在宿主内部的进化.
- 在一般人群中长期感染期间调查SARS-CoV-2的传播潜力.
主要方法:
- 利用了2020年4月至2023年3月英国国家统计局COVID-19感染调查 (ONS-CIS) 的数据.
- 专注于具有高病毒载荷 (Ct ≤30) 的感染和来自七大SARS-CoV-2血统的可用基因组序列.
- 持续性感染被定义为持续高病毒RNA标位≥26天,分析新突变和进化速率.
主要成果:
- 确定了576种持久性感染,男性和60岁以上的个人患病率更高.
- 主体内进化率的中位数为7.9 × 10−4个替代/位点/年,其高可变性是由尖端蛋白域中非同名突变所驱动的.
- 在持续56天以上的感染中,没有发现超过第一个月的传播的明确证据;确定了复发性突变和新发性逆转.
结论:
- 在持续的社区感染中,宿主内SARS-CoV-2的进化是异质的,其中的一个子集表现出加速进化或获得关键突变.
- 从持久性感染的进一步传播在后期阶段似乎不常见.
- 这些发现为基因组监测策略和持续的SARS-CoV-2感染患者管理提供了信息.
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