使用MASSyPupX进行数据依赖和数据独立采集的猎枪蛋白质组学数据的场外处理

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 枪支蛋白质组学产生了大量的数据,对及时分析提出了挑战.
• 包括人工智能在内的新型数据解释工具正在出现,但尚未集成到商业软件中.
• 免费和开源软件 (FOSS) 促进了场外数据处理,分散了信息工作流程并降低了教育成本.

研究的目的:

• 介绍MASSyPupX,这是一个FOSS质谱 (MS) 软件集,旨在实现高效的猎枪蛋白质组数据处理.
• 证明MASSyPupX的实用性,用于转换和分析数据依赖采集 (DDA) 和数据独立采集 (DIA) 蛋白质组数据.
• 为了突出MASSyPupX的可移植性,可扩展性和可访问性,研究人员,教育工作者和定制工作流程开发.

主要方法:

• 基于Debian的Linux发行版MASSyPupX直接从USB驱动器上运行,也可以安装到工作站/服务器上.
• 已经下载了 Raw Thermo shotgun proteomics 文件,并将其转换为 mzML 格式.
• 数据分析使用了诸如Comet,PeptideProphet,DIA-NN和ProtyQuant等工具,并使用定制的Bash,Python和R脚本进行后处理和可视化.

主要成果:

• MASSyPupX成功处理了DDA和DIA的猎枪蛋白质组数据,证明了它的多功能性.
• 该平台可以将原始文件转换为mzML格式.
• 定制脚本使分析结果的有效后处理和可视化成为可能.

结论:

• MASSyPupX通过其FOSS,便携性和可扩展性,在猎枪蛋白质组数据处理方面取得了重大进展.
• 该平台民主化了对高级蛋白质组学分析的访问,支持可重现的研究,教育和定制工作流程开发.
• MASSyPupX降低了成本,分散了工作流程,并促进了协作,最终推动了生物和医学研究.