洞察多样性,宿主范围和Lepidoptera中的iflavirus的演变,通过转录组挖掘

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 昆虫病理学 昆虫病理学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 伊夫拉病毒是正链RNA病毒,主要感染关节动物,对于Lepidoptera (蝶和蝶) 可获得的基因组数据有限.
• 在健康的类鸟种群中,许多iflavirus缺乏明显的疾病症状,表明需要了解它们的流行程度和多样性.
• 现有的公共数据库中不够的iflavirus基因组来自类的宿主.

研究的目的:

• 通过分析公开的转录组数据,扩大对Lepidoptera内的iflavirus多样性的理解.
• 重建新的iflavirus基因组,并研究它们的宿主范围和进化模式.
• 在新发现的iflavirus中识别潜在的生物控制剂.

主要方法:

• 从公共转录组数据集中自动重建病毒基因组的生物信息学管道的开发.
• 来自55种类鸟的编码完整和基于参考的补丁iflavirus基因组的重建.
• 对139个非冗余iflavirus基因组进行了家族遗传学分析,其中包括65个新的完整基因组.

主要成果:

• 重建了1548个病毒基因组,产生了240个补丁基因组,显著扩大了Lepidoptera中已知的iflavirus多样性.
• 65个新的完整的iflavirus基因组被确定,其中39个可能代表新的病毒物种.
• 分析揭示了不同类鸟物种,属和家族的新型病毒宿主关联,并确定了病毒感染多样性的独特模式.

结论:

• 公共转录组数据的数据挖掘是一种有效的大规模方法,用于重建家族内的病毒多样性.
• 该研究发现了许多新的iflavirus和病毒宿主关联,包括那些与昆虫害虫相关的.
• 伊夫拉病毒在昆虫生态中发挥着重要作用,并具有作为未来生物控制剂的潜力.