在固定组织中使用具有成本效益的PCL-seq工作流程的高分辨率空间转录学
Xue Dong1, Mengzhu Hu1, Xiaonan Cui2
1Single Cell Systems Biology Laboratory, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, Shandong 266101, China.
Genome research
|August 5, 2025
概括
我们开发了光分离和结测序 (PCL-seq),这是一个新的空间转录组学方法. 这项技术绘制了具有亚细胞分辨率的组织中的基因表达图,适用于冷和FFPE样本.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 基因表达的空间异质性需要先进的空间转录学技术.
- 现有的方法在组织兼容性和分辨率方面存在局限性.
研究的目的:
- 引入光分离和联结测序 (PCL-seq),一种新的空间转录组学方法.
- 为了证明PCL-seq在冷和FFPE组织中具有亚细胞分辨率的实用性.
主要方法:
- PCL-seq采用光控制的DNA标记策略,使用可光分离的寡核酸和结适配器.
- 感兴趣的区域 (ROI) 通过微观控制的光照明来确定,用于有针对性的转录造型.
- 该方法应用于冷的小鼠胚胎和甲固化嵌 (FFPE) 的小鼠胚胎部分.
主要成果:
- PCL-seq从冷的小鼠胚胎中生成空间对齐的基因表达矩阵,检测到约17万个UMI和8600个基因 (100微米照明).
- 该方法成功地在FFPE小鼠胚胎部分 (数字和脊椎) 中识别了数千个差异丰富的转录.
- 实现了亚细胞分辨率,使核和细胞质区间之间的差异性表达概况成为可能.
结论:
- PCL-seq是一种可访问和多功能的工作流程,用于空间转录组分析.
- 该技术与冷和FPE组织兼容.
- PCL-seq为详细的空间基因表达研究提供了具有亚细胞分辨率的高质量数据.


