10美元的蛋白质组:使用Orbitrap Astral和timsTOF Ultra 2质谱仪对有限数量的样本进行低成本,深度和定量蛋白质组分析
Siqi Huang1, Chao Wang1, Hsien-Jung L Lin1
1Department of Chemistry and Biochemistry, Brigham Young University, Provo, UT 84602.
bioRxiv : the preprint server for biology
|August 6, 2025
概括
我们开发了一种具有成本效益的蛋白质组学框架",10美元的蛋白质组",使深度蛋白质组分析能够以每样本约10美元的价格进行. 这使得基于质谱 (MS) 的蛋白质组学在大规模,常规和多原子研究中实现了民主化.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 系统生物学 系统生物学
- 临床研究 临床研究
背景情况:
- 基于质谱 (MS) 的蛋白质组学是昂贵的,技术要求高,限制了它在大规模和常规应用中的使用.
- 每个样本的高成本阻碍了蛋白质组学在多原子研究中的整合.
研究的目的:
- 为深入的定量蛋白质组分析提供一个具有成本效益的分析框架.
- 为了实现蛋白质组概况,每个样本大约需要10美元,称为"10美元蛋白质组".
- 为更广泛的研究应用民主化对蛋白质组学的访问.
主要方法:
- 使用了Thermo Fisher Orbitrap Astral和Bruker timsTOF Ultra 2质谱仪. 这是一个非常好的方法.
- 在各种样本输入 (200 pg 到 100 ng) 和梯度长度 (5 到 60 分钟) 中评估了性能.
- 集成的低成本单样本制备与标准化MS采集和高通量纳米LC (~10分钟/样本).
主要成果:
- 实现了以每样本约10美元的价格进行深度蛋白质组分析.
- 从10 ng输入量化了大约8000个蛋白质组,从200 pg输入量化了近6000个蛋白质组.
- 在低纳米克输入范围内的证明蛋白质覆盖和.
结论:
- "10美元蛋白质组"框架是实用的,可扩展的,并且具有成本效益.
- 这种方法促进了常规的,大规模的蛋白质组概况.
- 能够更广泛地将蛋白质组学纳入系统生物学和临床研究.
