SlicerMorph摄影计:一个开源的摄影计工作流程,用于重建3D模型
Oshane O Thomas1, Chi Zhang2, A Murat Maga1,3
1Center for Development Biology and Regenerative Medicine, Seattle Children's Research Institute, Seattle, Washington, 98101, United States of America.
Biology open
|August 6, 2025
概括
本研究介绍了一个开源的3D切片管道,用于创建精确的骨模型. 新方法提高了生态和进化研究的3D模型重建精度.
科学领域:
- 古生物学的古生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 3D成像是3D成像中的一种.
背景情况:
- 骨标本的高准确度三维 (3D) 模型对于生态和进化研究至关重要.
- 现有的3D模型重建工作流程可能是复杂和耗时的.
研究的目的:
- 在3D Slicer平台中呈现一个完全开源的管道,用于生成精确的3D骨架模型.
- 为了提高科学分析的3D模型重建的准确性和效率.
主要方法:
- 开发了一个 3D Slicer 扩展,集成使用 Segment Anything Model (SAM) 和通过 OpenDroneMap (NodeODM) 引擎进行表面重建的自动图像掩盖.
- 拍摄了14个山海头骨,并使用新的管道和以前的工作流程重建了3D模型.
- 使用平均表面距离,根平均平方误差 (RMSE),Hausdorff和Chamfer指标,将重建模型的准确性与微型CT参考进行了比较.
主要成果:
- 与以前的工作流相比,改进的管道,包括SAM掩盖,将平均表面距离和RMSE减少了10-15%.
- 在微妙的骨元素周围可见的文物,如斜臂,被减少了.
- 豪斯多夫距离显示了最小的变化,表明了全球改善,而不是异常值的减少.
结论:
- 新的开源管道为3D骨架模型重建提供了一个用户友好和准确的方法.
- 这种集成的工作流提高了生态和进化研究的3D模型的质量.
- 管道简化了掩盖,扩展和重建的过程,在一个单一的界面内进行.


