使用scMTR-seqq在单细胞中对多个基因组修饰和转录组进行组合分析
Yang Wang1, Jingyu Li1, Andrew A Malcolm1
1Epigenetics Programme, Babraham Institute, Cambridge CB22 3AT, UK.
Science advances
|August 6, 2025
概括
一种新的方法,单细胞多标和mRNA测序 (scMTR-seq),同时对单细胞中的六种基因组修饰和转录组进行了分析. 这项技术揭示了人类内皮分化和小鼠胚胎发育过程中的动态表观遗传变化.
科学领域:
- 表观遗传学和基因组学
- 细胞和分子生物学 细胞和分子生物学
- 发展生物学 发展生物学
背景情况:
- 在复杂样本中绘制染色质状态的图表是具有挑战性的,因为缺乏在单细胞中同时分析多个组质子修饰和转录组的方法.
- 了解组合性组织蛋白修饰对于破译基因调节元素和表观遗传程序至关重要.
- 之前的方法不足以在单细胞水平上进行高通量,多原子的分析.
研究的目的:
- 开发和验证一种新的高通量方法,用于在单细胞中同时分析多个基因组修饰和转录组.
- 调查在人类内皮分化过程中的动态色素状态和转录组变化.
- 在小鼠胚胎囊中生成由谱系解析的染色质图和基因调节网络.
主要方法:
- 开发单细胞多目标和mRNA测序 (scMTR-seq).
- scMTR-seq的应用,在单细胞中同时对六种基因组修饰和转录组进行分析.
- 使用scMTR-seq数据分析人类内皮分化和小鼠胚胎细胞的发展.
主要成果:
- 在单细胞中,scMTR-seq成功启用了六种基因组修饰和转录组的同时分析.
- 在人类内皮分化过程中发现了染色质状态和转录组的动态和协调变化.
- 在小鼠胚芽细胞中制造出血统解析的染色质地图和基因调节网络,揭示了表观遗传不对称性,并将Trps1确定为潜在的抑制剂.
结论:
- scMTR-seq是一个强大的工具,用于调查异质样本中的组合色素景观.
- 该方法为表观遗传调节系统和发育过程中的基因调节提供了新的见解.
- scMTR-seq有助于更深入地了解动态表观遗传变化和谱系规范.
