在PPI网络中使用随机步行与重新启动来识别肺腺癌中与铁亡相关的基因
Can Liu1,2, Peng He1,2, Ru Qiao1,2
1School of Pharmacy, Hunan University of Chinese Medicine, Changsha, 410208, China.
Scientific reports
|August 6, 2025
概括
研究人员确定XBP1是肺腺癌 (LUAD) 中关键的铁化相关基因. 这一发现为精密疗法提供了新的视角,用于针对LUAD治疗中的铁.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 肺腺癌 (LUAD) 是一种常见的非小细胞肺癌亚型,由于微妙的早期症状,诊断往往延迟.
- 铁,一种与铁代谢相关的受调细胞死亡形式,在癌症的发展,进展和治疗耐药性方面发挥着作用.
- 识别与铁灭相关的新型基因对于开发新的LUAD治疗策略至关重要.
研究的目的:
- 使用基于网络的方法,识别肺腺癌 (LUAD) 中潜在的与铁死相关的基因.
- 为了研究已识别的基因,X盒结合蛋白1 (XBP1) 和铁亡途径之间的关联.
- 探索XBP1在LUAD瘤微环境中的作用及其与免疫细胞透的相关性.
主要方法:
- 在 LUAD 蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络上利用随机步行与重启 (RWR) 算法来预测与铁死相关的基因.
- 进行基因组丰富分析 (GSEA) 来评估XBP1和铁亡之间的关系.
- 分析瘤微环境数据,以评估与免疫细胞透相关的XBP1表达.
- 使用外部LUAD数据集 (GSE118370,GSE68465,TCGA-LUAD) 验证的发现.
主要成果:
- 在LUAD中确定XBP1作为一个重要的ferroptosis相关基因候选者.
- GSEA证实了XBP1和铁亡途径之间的强烈联系.
- 发现XBP1表达与LUAD瘤微环境内的免疫细胞透有显著的相关性.
- 外部队列验证支持LUAD组织中XBP1的高表达和免疫相关性.
结论:
- X-box结合蛋白1 (XBP1) 被认为是肺腺癌 (LUAD) 发展和进展的关键因素.
- XBP1在铁亡中的作用及其与瘤微环境的关联表明它有可能成为治疗点.
- 这些发现为开发针对ferroptosis路径的LUAD精度疗法提供了新的见解.
