在日本,将EMR数据转换为OMOP CDM和使用OHDSI分析工具的可行性
Yoshihiro Aoyagi1,2, Masahiro Baba2, Suzue Terao2
1Department of Medical Information, National Cancer Center Hospital East.
这项研究表明,将电子病历 (EMR) 数据转换为观察医疗结果伙伴关系共同数据模型 (OMOP CDM) 在日本是可行的. 利用观察健康数据科学和信息学 (OHDSI) 工具,如ATLAS用于乳腺癌患者数据分析也取得了成功.
科学领域:
- 医疗信息学 医疗信息学
- 医疗数据标准化 医疗数据标准化
- 临床数据分析 临床数据分析
背景情况:
- 电子医疗记录 (EMR) 数据对大规模分析提出了挑战.
- 标准化健康数据对于多个地点的研究和药物安全至关重要.
- 观察医疗结果伙伴关系共同数据模型 (OMOP CDM) 为观察健康数据提供了一个标准化的格式.
研究的目的:
- 评估将日本EMR数据转换为OMOPCDM的可行性.
- 评估观察健康数据科学和信息学 (OHDSI) 工具用于分析转换数据的实用性.
- 确定在日本医疗保健环境中实施OMOP CDM和OHDSI工具的挑战和成功.
主要方法:
- 从国家癌症中心东部医院的8387名乳腺癌患者中提取EMR数据.
- 将提取的数据转换成OMOP CDM格式.
- 安装了OHDSI软件和标准词汇,并使用ATLAS接口进行数据可视化和分析.
- 使用OHDSI数据质量仪表板评估数据质量.
- 将7259个术语映射到OHDSI标准词汇中,包括SNOMED-CT,RxNorm和LOINC.
主要成果:
- 成功将EMR数据转换为OMOP CDM以使用OHDSI工具进行分析.
- 亚特拉斯显示了有关患者观察期和药物使用的报告.
- 对标准词汇的映射在很大程度上是成功的,通常使用SNOMED-CT,RxNorm和LOINC.
- 在转换过程中,在种族数据处理和抗癌药物规范方面发现了挑战.
结论:
- 在日本证明了将EMR数据转换为OMOP CDM的可行性.
- 证实了包括ATLAS在内的OHDSI工具用于分析标准化的健康数据的实用性.
- 强调需要解决软件安装,词汇映射和数据质量评估方面的挑战,以便更广泛地采用.
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