免疫激光捕捉微解剖输液固定小鼠大脑组织与RNA-seq结合

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 神经科学是一个神经科学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 激光捕获微解剖 (LCM) 与免疫染 (免疫-LCM) 和RNA分析相结合,可以在组织的现场转录分析.
• 在免疫LCM过程中保持RNA完整性是具有挑战性的,限制了高分辨率空间基因表达分析.

研究的目的:

• 开发和验证一项协议,在免疫LCM过程中保持RNA完整性,用于空间转录组分析.
• 评估固定和免疫LCM步骤对RNA质量和随后的基因表达分析的影响.

主要方法:

• 一个涉及 perfusion 固定和 ex vivo 后固定小鼠大脑与甲的协议.
• 蛋白酶消化来自大脑部分的免疫LCM获得的材料.
• 使用生物分析仪/磁带站评估RNA完整性,并通过qRT-PCR和RNA-seq. 进行基因表达分析.

主要成果:

• 甲基固定/免疫LCM协议保持了RNA完整性,没有观察到RIN值的显著妥协.
• 在基因表达分析 (qRT-PCR和RNA-seq) 中从向的大脑微血管组织中实现了高可重复性.
• RNA-seq检测到大约22,000个基因,包括血液-大脑屏障转录组中的基因.

结论:

• 甲的固定,即RNA和蛋白质的交叉链接,可以在没有显著的RNA损伤的情况下逆转.
• 开发的固定/免疫-LCM协议使全球基因表达的高分辨率空间分析能够在最小的技术变异性下进行.