肺癌的非编码遗传元素使用全基因组测序在13722名中国人的肺癌中被确定

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 癌症研究 癌症研究
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 在东亚人群中,与肺癌相关的遗传元素的很大一部分仍然是未知的.
• 迫切需要进行大规模的全基因组研究,重点关注肺癌病因学中的非编码调控元素.

研究的目的:

• 在中国人身上进行基于全基因组测序 (WGS) 的全基因组扫描,以确定与肺癌相关的调控因素.
• 整合基因组和转录基因组数据以了解变异性肺癌关联.
• 确定涉及肺癌非编码调节的新基因和上游调节器.

主要方法:

• 在13722名中国人身上进行全基因组测序 (WGS).
• 在东亚研究中对基于常见变异的基位的元分析.
• 与肺组织 (297名中国人) 的基因组-转录组参考面板进行整合.
• 使用STAAR管道进行罕见变异聚合分析.
• 基于深度学习的方法来识别上游监管机构.

主要成果:

• 识别并验证了与肺癌相关的基于常见变异的位置.
• 突出基因TP63和DCBLD1通过变异性肺癌关联桥梁.
• 通过在非编码区域的罕见变异分析发现了新的基因PARPBP,PLA2G4C和RITA1.
• 使用深度学习揭示了潜在的上游监管机构,包括TP53,MYC,ZEB1和NFKB1.

结论:

• 该研究提供了关于非编码调节在东亚人群肺癌病因学中的作用的关键见解.
• 鉴定出新的新基因和调节途径为肺癌干预提供了潜在的新目标.